Отказ от дополнительных работ

Да, потому что по факту, доп. смета может быть составлена только в случае дополнительного соглашения, потому что в основном контракте не указаны те объемы, которые были сделаны по факту, а также можно прочитать ст. 743 ГК РФ, в которой чётко всё описано.